Projekt kościoła powstał w 1984 roku. W sierpniu 1987 roku biskup katowicki Damian Zimoń mianował ks. Józefa Anczoka rektorem kaplicy i budowniczym nowego kościoła, powierzając mu zadanie utworzenia w Lisowicach samodzielnej parafii. Ks. Józef Anczok razem z wiernymi oraz z wydatną pomocą ks. proboszcza Henryka Gajdy przystąpił do budowy kościoła. Nową parafię erygowano 1 stycznia 1989 roku, a budowę kościoła rozpoczęto w połowie października 1989 roku. Po pięciu latach prac, 26 listopada 1994 roku biskup gliwicki Jan Wieczorek uroczyście poświęcił nowy kościół pw. św. Jana Nepomucena. W 2008 roku sprowadzono z Pragi relikwie patrona.
W 1999 roku założono cmentarz parafialny przy ul. Nowej.