Kościół pochodzi z 1. połowy XIII w. Świątynia została przebudowana ze stylu późnogotyckiego na barokowy w 1. połowie XVIII w. Uległa spaleniu w 1482 r., w następnym wieku ówczesne władze miasta starały się doposażyć kościół. Pod koniec XVI w. zawieszono w wieży dzwon, odnowiono kopułę oraz zakończono prace przy organach. W 1597 r. od uderzenia pioruna spaliły się wieża wraz z organami. W 1619 r. podjęto remont świątyni, lecz w 1631 r. znów się spaliła. 2 wieki później orkan zrzucił mariacką wieżę, która spadła na budynek: w wypadku tym zginęło kilkoro mieszkańców. Wtedy również miało miejsce duże zniszczenia kościoła oraz miasta: zostało wybitych ponad 10 tys. szyb. Wieżę odbudowano w 1888 r. i zamieszczono w niej miedziane kapsuły, w których znajdowały się dokumenty z lat 1746, 1832 i 1857, medale, monety oraz plany miasta. Kościół zawdzięcza swą nazwę księżnej Jadwidze, która ufundowała tę świątynię w XIII w. W tym czasie wraz z Henrykiem Brodatym (swoim mężem) wielokrotnie przebywała na krośnieńskim zamku, dzięki temu jej wkład w rozwój życia religijnego Krosna był bardzo duży.