Niewielki późnorenesansowy kościół w Nowym Klukomiu wzniesiono w II połowie XVI w. (1573 r.) z fundacji rodziny von Blankensee, jako świątynię protestancką, bezpośrednio po przejęciu okolicznych kościołów przez protestantów oraz przyjęciu nowej wiary przez miejscową szlachtę. Stanowi on interesujący przykład wiejskiego warsztatu budowlanego. Zachowane wyposażenie pochodzi głównie z XVII w. Na początku XVIII w. kościół został częściowo przebudowany. Dobudowano wtedy wolnostojącą, drewnianą, szkieletową wieżę. Na początku XX w. wykonano remont kościoła, od wschodu dostawiono charakterystyczne przypory.