Parafia Matki Boskiej Nieustającej Pomocy została erygowana dekretem biskupa gliwickiego Jana Wieczorka 5 września 1993 roku. Erygowanie parafii było poprzedzone postępowaniem regulacyjnym, mającym na celu przywrócenie parafii św. Mikołaja w Pyskowicach prawa własności do nieruchomości położonej przy ul. Kolejowej 10. Terytorium parafii zostało wyodrębnione z parafii św. Mikołaja w Pyskowicach i obejmuje południową część Pyskowic oraz Dzierżno.
4 września 1993 roku biskup Jan Wieczorek poświęcił kaplicę-barak, która na czas budowy służyła do sprawowania nabożeństw. 31 sierpnia 1994 roku rozpoczęto budowę kościoła wg projektu budowlanego inż. Henryka Górczyńskiego oraz mgra inż. arch. Sławomira Kaczorowskiego. Budowę nadzorowali inżynierowie: Engelbert Czempik oraz Rudolf Kuczmera. 26 maja 1995 roku biskup Jan Wieczorek oraz biskup Togo Ambroży Djoliba wmurowali kamień węgielny.
W czasie pielgrzymki Jana Pawła II do diecezji zostały poświęcone trzy dzwony: Jan Paweł II, Katarzyna i Grzegorz, ufundowane przez byłych i obecnych parafian.
Uwieńczeniem budowy była konsekracja kościoła, której dokonał biskup gliwicki Jan Wieczorek 8 października 2000 roku.